[qualidat]

Das wird dir jetzt nicht viel nützen, aber ich kann dein Problem nachvollziehen!

Ich habe eben mal auf die Schnelle ein lineal-artiges Objekt aus einzelnen Linien (!) in AI erstellt und dieses so wie du in ID platziert, kopiert und das zweite bei maximalem Zoom exakt auf die Ecke ausgerichtet.
Dann ein PDF/X-3 erstellt und siehe da: passt nicht. Das kopierte Lineal steht im PDF (Mac Vorschau) um etwa 2 Lineinstärken daneben - sehr seltsam ... oder ein ganz gewöhnlicher Bug.

[Mac]

Hier unter OSX CS6 passt das 1A

Illu : ein paar Linien hin und her geschoben
IN ID platziert, bei 800% positioniert, Export als X3 -> sauber.

[qualidat]

Bei mir sieht das so aus. Links das ID-Fenster, Rechts das PDF im Fenster der Vorschau ... (CS 5.5)

[Hermit3D]

Hast Du beim Export die Funktion: Strichzeichnungen komprimieren o.ä. aktiviert ?

[hilson]

Im Zweifelsfall würde ich die Ebene mit den Objekten mal Duplizieren und diese per Transparenzreduzierung "flachrechnen" und es mal damit versuchen. Das ist natürlich nur ein möglicher workaround und keine Lösung, aber "Versuch macht kluch".